На данный момент неизвестно о каких-либо опасностях или побочных эффектах, связанных с МРТ-сканированием. Процедура безболезненная. И так как в магнитно-резонансной томографии не используется ионизирующая радиация (рентгеновские лучи), ее без проблем можно проводить повторно. Теоретически существует небольшой риск для плода в первые 12 недель беременности, поэтому в течении этого периода сканирование беременным женщинам противопоказано. Поскольку во время проведения магнитно-резонансной томографии пациенты должны лежать внутри большого цилиндра, у некоторых из них могут проявиться симптомы клаустрофобии. Пациенты, испытывающие страх перед закрытым пространством, должны предупредить об этом врача. Само оборудование для МРТ во время работы воспроизводит не громкий шум, который может вызвать неприятное ощущение.