Пациент ложится на узкий стол, который заезжает внутрь МРТ-сканера. В течении сканирования специалист, проводящий обследование, находится в соседней комнате, но может наблюдать и поддерживать контакт с пациентом посредством голосовой связи. Последний должен стараться лежать неподвижно. Иногда оператор просит задержать дыхание на несколько секунд, чтобы сделать снимок - так качество изображения выходит максимально высоким. В среднем, вся процедура знимает до 30 минут.